Antiseptica zijn niet-selectief en soms enigszins cytotoxisch. Dit betekent dat zij niet alleen micro-organismen vernietigen, maar ook cellen die betrokken zijn bij het wondherstel (bv. neutrofielen, macrofagen, keratinocyten en fibroblasten). De cytotoxiciteit is dosis- (concentratie) en/of tijdsafhankelijk (duur van blootstelling).

Een tweede probleem dat zich stelt, is een verminderde gevoeligheid voor antiseptica. Bacteriën creëren een afweer tegen toxische stoffen (bv. antiseptica) o.a. door deze uit te stoten via hun effluxpompen. Eenmaal deze effluxpompen geactiveerd zijn, worden niet alleen antiseptica maar ook antibiotica en zware metalen uitgescheiden. Men spreekt dan van kruisresistentie. De betrokken micro-organismen bij kruisresistentie zijn divers: grampositieve en gramnegatieve bacteriën, mycobacteriën en gisten, hoewel de meeste beschikbare gegevens betrekking hebben op bacteriën (Collet, 2021). Er is hierbij reeds kruisresistentie gerapporteerd voor chloorhexidine digluconaat maar niet voor polyvidon-jood en polyhexanide (Kampf, 2018). Het is daarom belangrijk om niet alleen het antibioticagebruik te optimaliseren, maar ook om het gebruik van antiseptica te monitoren en zelfs te beperken (Probst, 2022).

Dit leidt tot de aanbeveling om bij het gebruik van antiseptica ook het voorzichtigheidsprincipe aan de dag te leggen zoals bij het gebruik van antibiotica. (Dopcea, 2020).